Pondok Tahfidz Modern Al-Aqsho Kudus memiliki luas tanah wakaf sebagai berikut:

1. Pondok Putra (KMI dan Tahfidz) dengan luas tanah = 684 M² berlokasi di Dukuh Pedak, Desa Klumpit, Kecamatan Gebog, Kabupaten Kudus.
2. Pondok Putri (Tahfidz) dengan luas tanah = 534 M² berlokasi di Dukuh Modinan, Desa Klumpit, Kecamatan Gebog, Kabupaten Kudus
3. Pondok Putra (lokasi baru) yang masih dalam tahap proses pembangunan dengan luas tanah = 9.189 M² berlokasi di Dukuh Proko Winong, Desa Kaliwungu, Kecamatan Kaliwungu, Kabupaten Kudus.

Sehingga, total luas tanah wakaf milik pondok adalah 10.407 M²